Megazone 23 se desarrolla en un futuro distante, a principios del siglo 24. En esta época, varios problemas ambientales hicieron que la Tierra fuera inhabitable. Los humanos empezaron a abandonar la tierra en gigantescas colonias espaciales llamadas Megazones. La animación se enfoca en los habitantes de la colonia Megazone 23 (de ahí el nombre)